Już w podstawowej wersji wyposażenia Classic, w standardzie, o bezpieczeństwo dba elektroniczny system stabilizacji ESP, który zwiększa stabilizację samochodu w momencie pokonywania zakrętów.

Dodatkowo wyposażenie podstawowe zawiera poduszki powietrzne dla kierowcy i pasażera z przodu, boczne, przednie poduszki powietrzne, a od wersji Ambiente kurtyny powietrzne.

Ponadto, Octavia wyposażona jest w trójpunktowe przednie i tylne pasy bezpieczeństwa, immobiliser czwartej generacji, światła ostrzegawcze umiejscowione w panelu przednich drzwi, system automatycznie zamykający dopływ paliwa w razie wypadku i inne ważne elementy bezpieczeństwa.

Oprócz solidnej struktury karoserii i pasów bezpieczeństwa, najwyższy stopień bezpieczeństwa pasażerów osiągany jest poprzez bardziej ergonomiczne zagłówki typu WOKS z przodu, a także trzy dopasowane zagłówki pasażerów z tyłu.